В Системе раздел «Научно-исследовательский центр», который может включать в себя научно-исследовательские институты (НИИ), научно-исследовательские секторы (НИС), научно-исследовательские лаборатории (НИЛ) и др. В рамках данного проекта предусматривается организовать на достаточно высоком уровне научно-исследовательскую деятельность. В основном научно-исследовательская деятельность предусматривается развиваться по трём направлениям:
1. По вопросам исламского вероисповедания или по-другому - Исламоведанию.
2. На стыке религиозной и светской сфер.
3. По чисто светским направлениям.
В каждой мусульманской образовательной организации желательно предусмотреть структурное подразделение, занимающееся научно-исследовательской деятельностью, кроме того такие структуры желательно создавать на базе региональных Муфтиятов. На федеральном уровне предусматривается в зависимости от конкретной ситуации создавать:
1. Самостоятельные научно-исследовательские структуры, чаще всего НИИ.
2. Научно-исследовательские объединения.
3. Распределенные научно-исследовательские структуры.
4. Электронные НИИ.
Кроме того, могут создаваться для решения разных задач научно-исследовательские рабочие группы, когда научные работники объединяются для решения конкретной задачи на основе гражданско-правовых договоров. Для осуществления научно-исследовательской деятельности важно предусмотреть возможность привлечения зарубежных НИИ и учёных.
Научно-исследовательские структуры могут создаваться на базе религиозных организаций, как без образования юридического лица, так и со статусом юридического лица. Необязательно, чтобы научно-исследовательские структуры создавались только на базе религиозных организаций, они могут создаваться и как самостоятельные некоммерческие и коммерческие организации.
Для осуществления научно-исследовательской деятельности в любых структурах разработана современная информационная система, обеспечивающая эффективную деятельность на основе использования инновационных коммуникаций взаимодействия учёных.
Для общей координации научно-исследовательской деятельности в условиях создания единой системы самоуправления предусматривается создание «Координационного совета по вопросам развития научно-исследовательской деятельности».
